Od tego roku zaliczki za ostatni miesiąc lub kwartał nie wpłaca się wraz z zaliczką za poprzedni i w jej wysokości. Zaliczkę za ostatni miesiąc lub kwartał wpłaca się do 20-tego stycznia następnego roku. Zaliczki tej można w ogóle nie wpłacać, jeśli do 20-tego stycznia złoży się zeznanie roczne i zapłaci wynikający z niego podatek.W związku z powyższym, przy przelewie zaliczki za listopad nie jest proponowane dodanie kwoty za grudzień. Ponadto w oknach PIT-5 i PIT-5L za grudzień umieszczono nowe pole "Zamiast zaliczki podatnik płaci podatek i składa zeznanie roczne", którego zaznaczenie powoduje, że w danych eksportowanych do programu Biuro Rachunkowe IPS oraz w zestawieniu zaliczek i naliczonych odsetek zaliczka za grudzień jest zerowa. Zaznaczenie tego pola wyklucza też rozliczenie za ostatni kwartał, czyli obliczenie należnej zaliczki za ostatni kwartał. Zaznaczenie, że zaliczka nie jest wpłacana, powoduje też nieuwzględnienie jej kwoty w przelewie.

Sprzedaż detaliczna (paragony) jest czasem rejestrowana zbiorczo, jednym zapisem. Dlatego przy imporcie dokumentów z programów Subiekt GT firmy InsERT, Comarch Optima, Asseco WAPRO WF-Mag i WF-Fakturka dostępna jest nowa opcja (kratka do zaznaczenia) - czy importować dokumenty sprzedaży detalicznej (paragony). Jeśli nie zaznaczy się tej kratki, to paragony zostaną pominięte przy imporcie.

Niezależnie od definiowania udziałów właścicieli w firmach można było dotąd w danych firmy podać, że jest ona osobą fizyczną i przyporządkować firmie właściciela. Mogło to prowadzić do tego, że zapisane w bazie danych informacje o powiązaniu firmy z właścicielem były niespójne. W dodatku firmy oznaczone jako osoby fizyczne mogły mieć przypisany inny NIP niż NIP właściciela, co było oczywistą nieprawidłowością. Wszystkie te źródła potencjalnych niespójności zostały wyeliminowane w najnowszej wersji programu. Powiązanie firmy z właścicielem jest odtąd określone tylko i wyłącznie przez udziały właściciela w firmie. W oknie danych firmy nie ma już strony, na której wskazuje się właściciela, a pole "Osoba fizyczna" nie jest już edytowane - tylko pokazuje czy firma ma wyłącznego (100%) właściciela; jeśli tak, to jego imię i nazwisko widać przy polu "Osoba fizyczna". Wyjątkowo pole "Osoba fizyczna" dostępne jest do edycji przy dopisywaniu nowej firmy. Wtedy jego zaznaczenie oraz wskazanie właściciela firmy powoduje, że w bazie danych zapisywana jest nie tylko nowa firma, ale też 100% udziału wskazanego właściciela w tej firmie.W przypadku, gdy firma jest osobą fizyczną, jej NIP nie jest dostępny do edycji i jest taki sam jak NIP właściciela. Można go zmienić tylko w danych właściciela.Jeśli firma jest osobą prawną (tj. spółką z o.o lub akcyjną), to nie jest osobą fizyczną nawet jeśli ma wyłącznego właściciela. Do wskazania tego przypadku służy nowe pole "Osoba prawna" na stronie "Dane identyfikacyjne" okna danych firmy. Jeśli to pole jest zaznaczone, to nigdy nie może być i nie jest zaznaczone pole "Osoba fizyczna". W oknie-liście firm kolumna "Osoba fizyczna" została zastąpiona kolumną "Osoba prawna".Wprowadzone zmiany mają wpływ jedynie na rozpoznawanie przez program tego czy firma jest osobą fizyczną. Jeśli w bazie danych wszyscy właściciele mają poprawnie zdefiniowane udziały w firmach, to trzeba tylko zaznaczyć pole "Osoba prawna" w danych firm, które są osobami prawnymi. Jeśli jakaś firma była dotąd oznaczona jako osoba fizyczna, ale nie zdefiniowano dla niej 100% udziału właściciela, to trzeba teraz zdefiniować ten wyłączny udział. Program nie robi tego automatycznie. Jednak zawsze, gdy potrzebna jest informacja czy firma jest osobą fizyczną (np. przy sporządzaniu deklaracji) i nowy program widzi to inaczej niż stary, pojawia się odpowiednie ostrzeżenie.

W rejestrze deklaracji nie można było otworzyć (obejrzeć) deklaracji VAT-7 z pierwszej połowy 2011 roku, które nie zostały złożone drogą elektroniczną.